La riforma universitaria, sulla quale si discute fin dal 1997, è stata definita, nei suoi principi generali, nei seguneti decreti ministeriali:
Il Senato Accademico ha approvato in data 13-3-2001 gli Ordinamenti didattici dei Corsi di laurea in Fisica ed in Fisica applicata appartenenti alla classe di Fisica e tecnologie fisiche . I corsi sono stati attivati nell' anno accademico 2001-2002. Nel prossimo A.A. 2002-2003 saranno attivati due Corsi di laurea specialistica biennali, in Fisica ed in Fisica e tecnologie biomediche. Il livello delle Lauree specialistiche sarà inferiore a quello della tradizionale Laurea quadriennale. Esse permetteranno lo studio e la preparazione di tesi su tutti gli argomenti coperti dalla tradizionale Laurea quadriennale ed anche una maggiore specializzazione in alcuni particolari campi.
La legge assicura agli studenti che si iscritti prima della riforma il diritto a terminare gli studi secondo il vecchio ordinamento e conseguire la Laurea quadriennale. Gli studenti che si sono iscritti negli anni accademici 1999-2000 e 2000-2001 e quelli iscritti in anni precedenti, ma fortemente in ritardo con il superamento degli esami, sono però fortemente consigliati a trasferirsi ai nuovi Corsi di laurea triennali. Infatti, la Facoltà intende dedicare le sue risorse migliori ai nuovi Corsi di laurea, pur mantenendo la possibilità di continuare con il vecchio ordinamento.