Come protezione contro cancellazioni accidentali, per cancellare un messaggio in Eudora sono necessari due passi. Per il messaggio corrente, scegliere Delete dal menu Message. Cio' non cancella realmente il messaggio, ma lo trasferisce nella Trash Mailbox. Per cancellare i messaggi dalla mailbox Trash, scegliere Empty Trash dal menu Special. Comunque, stoppare il programma fa ottenere lo stesso risultato, se l'opzione Empty Trash on Quit nel menu Switches viene attivata. Infine, se volete cancellare solo alcuni messaggi dalla Trash Mailbox, evidenziarli e scegliere Delete dal menu Message. La cancellazione dalla Trash Mailbox dei messaggi, li toglie completamente dal programma Eudora.
Nota: inoltre, se l'opzione Require confirmation for Delete nella finestra Settings (Miscellaneous) e' attivata, ogni tentativo di cancellare un messaggio che non avete mai aperto (o un messaggio messo in coda che non e' stato spedito) fa si che Eudora vi chieda una conferma prima di procedere alla cancellazione.
Anche dopo che un messaggio sia stato cancellato con la procedura descritta sopra, lo spazio di memoria occupato da quel messaggio rimane tale. Di solito, Eudora recupera questo spazio quando c'e' qualche problema. Comunque, se lo spazio disco e' molto occupato, potete forzare questa azione a verificarsi piu' spesso. Per riottenere lo spazio disco, scegliere Compact Mailboxes dal menu Special. Per compattare una mailbox, premere il tasto /CTRL e cliccare sulla dimensione della mailbox (vedere la sezione Visualizzazione della Dimensione di una Mailbox).
Nota: Eudora compatta le mailbox automaticamente quando voi le chiudete, sotto due condizioni. Le mailbox sono compattate se l'ammontare dello spazio sprecato nella mailbox e' piu' grande di quello che i messaggi nelle mailbox usano, o se l'ammontare dello spazio sprecato nella mailbox e' piu' grande del 5% dello spazio libero sul volume che lo contiene.